时光火车是辆神奇的火车，是有缘人和特殊的人才看得到。时光火车的样子和普通火车的样子一样，可是铁轨非常特别，平时是看不见，时光火车来时出现，开过后铁轨就会消失，如果想开到天上，空中就会立刻出现铁轨；如果想入水，铁轨也立刻会出现在水底；如果想快点到目的地，就可以开启时空桥，开过时空桥就已经到目的地了。
有一个男孩，长得十分帅，眼睛大大的圆圆的，很腼腆，可自小就没见过妈妈，一直在奶奶的抚养下长大。可不久，奶奶也过世了，只有自己一个人十分孤独。有一天，有一个人寄来一封神秘的信，信里有一张火车票，上面说12点准时开车。
他十分好奇，所以就去了。到了那里，只见一辆时光火车停在水上，马上给票上了火车。一上火车就看见了很多人，他们好像不是来自地球的。有的有3个头，有的有4只眼睛，有的有4只手。他见了十分害怕，突然，有一个说：“你是地球人吧？饿不饿？饿的话我给你一点吃的。”他听后松了一口气，心想：原来他们是好人啊！正想着火车就进了水里，他看了吓了一跳，以为火车脱轨落到水里了。
另一个旁人对他说：“别怕这是时光火车，能潜水、飞行、穿越时空。”开了一会儿又进水了，他以为这不是意外，旁人十分惊慌，这才知道这次才是真正的意外！
进水后，火车翻了，又撞到水中的岩石，小男孩的头撞到椅子，晕了，还流了好多血。那些人见了立刻把他抱入急救室，用了24个小时的时间，才救醒小男孩。
过了两天，小男孩慢慢恢复神智，醒后看见火车又一次开在水面上（因为时空火车有自我修复能力，这才可以安全上岸）。后来又听见人群中有一个人说火车里有一台时光机，能看见以前和未来，他就去时光机前看了一下自己母亲的下落！在时光机里得知，他妈妈在生他之时就死了，他见到这一幕，十分伤心，就大哭起来……
时光火车之旅结束了，他下了火车，带着忧伤回到了家里，又过起了以前的生活，可他也因为这次旅行解开了一个谜团，他也挺开心的吧！
